В 1807 году скончался второй со времени поступления отца Серафима настоятель Саровской пустыни - праведный игумен Исаия, которого батюшка любил и почитал. Кончина настоятеля тяжело отразилась на отце Серафиме. Три любимые им старца, с которыми было связано вхождение его в монастырь, - Иосиф, Пахомий и Исаия, лежали уже в могилах. Трогательно подвижник почитал их память: всякий раз он заходил на монастырское кладбище и подолгу молитвенно простаивал возле их могил.
Осиротелый отец Серафим задумал на себя наложить обет молчальничества. Возникло настойчивое желание - превратить этот обет в подвиг, про который так понятно и ясно говорил святой Амвросий Медиоланский: "Молчанием я видел многие спаслись, многоглаголанием же - ни единый".
Вспомнились и другие его слова: "Молчание - есть таинство будущего века; словеса же - орудие суть мира cero". От уединения и молчания рождается умиление и кротость, возводящие человека к благочестию, приближая его к Богу, делая его как бы земным Ангелом.
Пустынная жизнь теперь для отца Серафима казалась уже недостаточной, и он принимает подвиг молчальничества. Он избегает посетителей и никого не принимает в своей дальней пустыньке. Если же он встречался с кем в лесу, то падал ниц, лицом на землю, и не поднимал головы до тех пор, пока около него никого не оставалось. Один из братии раз в неделю, по воскресным дням, приносил ему пищу в пустыньку, так как отец Серафим перестал в это время ходить в монастырь даже по праздникам. И вот зимой, по заметенной снегом дороге, брел, бывало, утопая в снегу, к молчальнику посыльный монах и приносил ему хлеб или каких-либо овощей. Дойдя до келии, посыльный входил в сени, ставил на землю пищу. Отец Серафим брал ее, не поднимая глаз на пришедшего, и клал на лоток кусочек хлеба или капусты - того-то следует принести в другой раз.
В том и заключалось внешнее проявление молчальничества. Внутреннее же значение этого подвига, его сущность заключалась в отречении от всех житейских благ и попечений. Около трех лет провел батюшка Серафим в полном молчании, после чего он перешел к высшему подвигу - затворничеству.
Было ему тогда 50 лет. Собор старейших иеромонахов монастыря, проявляя заботу о молчальнике, дабы имел он возможность чаще приобщаться Святых Христовых Таин, решил, чтобы в воскресные и праздничные дни отец Серафим приходил для приобщения в монастырь или же просто переселился бы в Саров. Молчальник, памятуя заветы монашества, заключающиеся в отсечении своей воли и в послушании, перешел в монастырь. Это было 12 мая 1810 года. В этот день после 15-летнего пребывания в пустыни затворник Серафим вошел во врата Саровской обители. Настоятель с братией удивились и обрадовались, встретив его, но удивление их возросло, когда на другой день старец Серафим, причастившись Святых Таин, направился к себе в келию, не сказав ни слова. Он затворился в своей келии, сам никуда не ходил и к себе никого не пускал. В келии его, кроме иконы с неугасимой лампадой и обрубка дерева, служившего ему стулом, ничего не было. Ради умерщвления плоти старец под рубашкою носил толстый пятивершковый чугунный крест. Вериг же и власяницы он на себя никогда не возлагал. И на вопрос об этом отвечал так: "Кто нас оскорбит словом или делом, и если мы переносим обиды по евангельски - вот и вериги наши, вот и власяница".
В затворе подвижник питался особенно скудно: толокно да рубленая капуста - еда, а пил он лишь воду. Доставлял безхитростную провизию сосед по келии - монах Павел. Он ставил всё принесенное у двери и удалялся. Бывали случаи, что отец Серафим из принесенного ничего не брал, и тогда монах Павел уносил еду обратно...
Сложно и велико было молитвенное правило подвижника Серафима. За неделю он прочитывал весь Новый Завет и, читая, толковал себе Писание вслух. Многие счастливы были прильнуть к его двери и слушать слова назидания, льющиеся из уст отца Серафима. Иногда он за книгой как бы замирал, погружаясь в созерцание, и, переставая читать молитвы, замолкал, неподвижно стоя пред иконой. Во все праздничные и воскресные дни, после ранней обедни, отец Серафим у себя в келии приобщался Святых Таин.
Чтобы памятовать о смертном часе, отец Серафим поставил у себя в сенях дубовый гроб; около него он часто молился, непрестанно подготовляя себя к вечному покою.
