Настоятельствовал в Пустыни строгий, но ласковый игумен Пахомий. Родом он был тоже из курских купцов и, конечно же, знал родителей Прохора. Угадывая опытным взором всю силу и чистоту решения юноши, отец Пахомий ласково принял его, поручая на попечение казначею монастыря иеромонаху Иосифу. У этого старца Прохор состоял келейником, затем его посылали на послушание в хлебню и просфорню, после определили чистодеревщиком в столярню. Одно время его обязали будить братию к ранним службам. Впрочем, исполнением этих несложных, но утомительных занятий, конечно, не замыкался круг забот юного послушника. С величайшей ревностью привлек он свое внимание к самой сущности монашеского звания - к перевоспитанию самого себя, к наблюдению за собою и достижению нравственного совершенства. Юноша, выросший в страхе Божием, ревностно вступил на путь иноческого самоотвержения; воспитывая в себе трудолюбие, кротость, воздержание во всем, а главное, прилежание к молитве - вот что становится теперь во главу его жизни! Он знал, что в обители, под строгим руководством старцев, ему надлежит оградить себя от соблазнов мира, что только здесь возможно подвизаться для аскетических подвигов, для полного раскрытия в себе духовных дарований. Твердо решившись на духовный подвиг, юноша с радостью взялся исполнять монашеские заветы, оставленные в назидание преподобным Иоанном Лествичником, который говорил: "Как корабль, имеющий искусного кормчего, благополучно с Божией помощью входит в пристанище, так и душа, имеющая доброго пастыря, легко восходит на небо, хотя бы и была ранее грешной... Как идущий по незнакомому пути без путеводителя легко может заблудиться, хотя бы он был разумным, так и в монашестве самовластно проходящий свое монашеское послушание легко погибает, хотя бы и знал премудрость всего мира".
Серьезное, вдумчивое отношение к иноческому устроению сказалось в рвении юного послушника неопустительно посещать церковные богослужения и неподвижно выстаивать все службы. Прохор и потом стоял всегда на определенном месте от начала до конца службы, строго исполнял он и свое келейное правило.
Разумеется, были у инока Прохора и затруднения, встречались и препятствия для успешной борьбы. Помыслы, печали, скука, уныние - эти постоянные спутники греха, отравляя нашу мирскую повседневную жизнь, бывает, проходят и внутрь монастырских стен. Но как настойчиво и победоносно отражал эти диавольские козни новоначальный инок! Он побеждал постоянным наблюдением над собою, побеждал трудом и молитвой.
Дома Прохор читал священные книги и занимался физическим трудом. Евангелие и Послания Апостолов он читал всегда стоя. Из духовных книг читал "Шестоднев" святого Василия Великого, "Беседы" святого Макария Великого, "Лествицу" преподобного Иоанна, "Добротолюбие" и многие другие. Начитанность развила в иноке способность всё сказанное в книгах применять к человеку и разным состояниям его характера - отсюда умение всякое жизненное положение прояснить истинным решением, всякое доброе дело облагоухать благодатию Божией. Физическим же трудом он занимался, участвуя на общих работах монастырской братии, - на сплаве леса, заготовке дров, а во время отдыха он искусно вырезывал из кипариса крестики и раздавал их богомольцам. И все же больше всего он любил уединенную молитву и воздержание. Будущий великий подвижник, постник и труженик инок Прохор как бы с самого начала сознавал сущность подвижничества и сладость монашества. Его монастырская жизнь - это живой, наглядный пример аскетизма, постоянного самоотречения, отказа от всего того, что мешает спасению.
Идеал святости вынашивал в своем сердце юный Прохор, к нему он направлял свои силы и свой духовный порыв. Уже в ранние годы своего иночества Прохор придерживался строгого поста. Он ничего не вкушал по средам и пятницам, а в другие дни недели принимал пищу раз в день. По благословению и с разрешения своего старца Иосифа, молодой Прохор в свободные часы уходил в лес для одинокой молитвы. В чаще леса он устроил шалаш и там погружался в созерцательную молитву. В тишине, вдали от людей, он умиленно отдавался молитвенному подвигу среди немеркнущих красот природы, раскрывавшей ему величие Всемогущего Творца.
В 1780 году Прохор опасно заболел. Тело его распухло, болезнь не поддавалась никакому лечению, возможно, это была водянка. Проболел он три года, из которых полтора года пролежал в постели. Необыкновенное уважение, которое питали к молодому иноку саровские старцы и монастырская братия, еще полнее проявилось во время его болезни. Старец Иосиф, игумен Пахомий, старец Исаия находились при нем неотлучно, прочая братия возносила за него молитвы. Однажды старец Иосиф отслужил о здравии Прохора Божественную Литургию. Больной исповедовался и причастился. И вот тогда, в Неизреченном Свете, явилась болящему Матерь Божия, с апостолами Иоанном Богословом и Петром. Владычица, указывая Иоанну Богослову на послушника, сказала: "Этот - Нашего рода" и возложила правую руку на его голову, а жезлом, который держала в левой руке, Она коснулась болящего. От этого прикосновения у Прохора осталось в ноге углубление, через которое и стала вытекать накопленная жидкость, причинявшая ему мучительные страдания. Так чудесным образом быстро и поправился Прохор.
Вскоре в Сарове приступили к новым постройкам. Келию Прохора, в которой совершилось это чудесное исцеление, снесли, и на ее месте построили больницу с богадельнею, а при больнице - церковь в два этажа: внизу - во имя преподобных Зосимы и Савватия Соловецких, а наверху - во имя Преображения Господня.
За сбором пожертвований на эту церковь и посылали тогда инока Прохора в мир. Обходя великое множество городов и сел Матушки-России, он сподобился побывать "и у Каспия широкого, и у царственной Невы"... Зашел он и в родной город Курск, свиделся со своим братом, вспомнил дни детства и горячо любимую мать, которая в то время уже лежала в земле; ходил он на городское кладбище и там, у могильного холмика своих родителей, простаивал подолгу в сердечной молитве. Брат Алексей уже успешно вел свое хозяйство и мог выделить от себя щедрое пожертвование на монастырский храм.
В некоторых жизнеописаниях преподобного рассказывается о внешнем его юношеском облике, когда он еще был послушником Прохором: "Росту высокого; лицо белое и полное, нос правильный и острый; светло-голубые, выразительные и проницательные глаза, густые брови; густые светло-русые волосы на голове; окладистая борода соединялась с густыми усами; он был крепок и силен, обладал увлекательною речью, необыкновенною памятью и светлым, отчетливым соображением".
