Монастырь с деревянным храмом во имя святых апостолов Петра и Павла в центре его территории основан около 1315-16гг. свт. Петром. Наименование храму и монастырю дано в честь св. ап. Петра - небесного покровителя святителя. После кончины свт. Петра и причисления его в 1326 г. к лику святых, при восстановлении монастыря Иоанном Калитой храм был переосвящен во имя свт. Петра и монастырь стал именоваться Петровским. В XIV в. архимандрит Иоанн Петровский первый из настоятелей московских монастырей ввел общее жительство монахов. После Куликовской битвы (1380 г.) Дмитрий Донской при восстановлении монастыря воздвиг на его территории еще один деревянный храм - в честь Боголюбской иконы Божьей Матери. При вел. кн. Василии III монастырь был значительно перестроен, на месте разобранного храма в честь Боголюбской иконы Божьей Матери был сооружен деревянный храм Покрова Пресвятой Богородицы, а в 1514-17 гг. итальянским архитектором Алевизом Фрязиным вместо деревянного был построен каменный храм во имя свт. Петра.
В XIV в. Настоятель Иоанн Петровский первый из настоятелей московских монастырей ввел общее жительство монахов.
В связи с рождением Петра I (30 мая 1672 гг.) монастырю была подарена усадьба К.П.Нарышкина, примыкавшая к его южной ограде.
В 1680-90 гг. указами Петра I на средства из государственной казны и бояр Нарышкиных на месте деревянных были построены каменные строения: в северном - парадном дворе - собор в честь Боголюбской иконы Божьей Матери (1684-86 гг.), храм во имя св. преп. Сергия Радонежского (1690-1692; 1702 гг.), Святые врата с надвратным храмом Покрова Пресвятой Богородицы и двухярусной колокольней над ним (1690-96 гг.), Настоятельский корпус (1688-90 гг.);в южном - хозяйственном дворе - братские кельи с храмом для монашествующей братии (1690-92 гг.), Служебный корпус (1690). Территория монастыря была огорожена мощной стеной, замыкавшей собой архитектурный ансамбль, созданный по замыслу Петра I и его матери - Н.К.Нарышкиной и послуживший Петру I опытом, использованным им при закладке новой столицы - Санкт-Петербурга.
В 1744-50 гг., на средства статс-дамы Н.А.Нарышкиной в парадном дворе был сооружен храм в честь Толгской иконы Божьей Матери.
В 1750-55 гг. над южными монастырскими вратами построен храм во имя преп. Пахомия Великого, переосвященный в 1914 г. во имя святых апостолов Петра и Павла. В конце XVIII в. у собора в честь Боголюбской иконы Божьей Матери сооружена усыпальница для Нарышкиных.
В XIX веке к западному торцу собора в честь Боголюбской иконы Божьей Матери пристроен притвор, а к северному торцу Братских келий пристроен трехэтажный Братский корпус.
В 1901 г. к северному торцу Настоятельского корпуса был пристроен трехэтажный Доходный дом. В 1905 г. в южном проходе Святых врат была устроена часовня в честь Казанской иконы Божьей Матери, пред которой постоянно читался акафист. Часовня просуществовала до 1928 г.
В 2000-2001 гг. на месте бывшей часовни на средства С.Г.Орлова устраивается храм в честь Казанской иконы Божьей Матери.
В XIX веке в монастыре действовало Общество любителей духовного просвещения, основанное свт. Филаретом, митрополитом Московским, размещался духовно-цензурный комитет и действовала церковно-приходская школа. В 1920-22 гг. при настоятеле монастыря архиепископе Варфоломее (Ремове) проводились занятия Московской Духовной Академии, до 1926 г. действовали богословско-пастырские курсы.
Последние богослужения в монастыре состоялись в 1929 г.
С 1920гг. в храмах и зданиях монастыря устроили коммунальные квартиры, разместили различные государственные организации и производственные структуры, что привело к разрушениям строений и захламлению территории монастыря. С целью сохранения памятника архитектуры в 1959 г. постановлением правительства монастырь был передан в ведение министерства культуры, которое до 1992 г. выполняло внешние реставрационно-восстановительные работы, а помещения использовало для размещения государственного литературного музея, танцевального ансамбля «Березка», а часть храмов и зданий использовало как запасники произведений изобразительного искусства.
По проектам архитектора Б.П.Дедушенко ансамбль монастыря был во многом воссоздан в первозданном облике времен XVII-XVIIIвв.
В 1991 г. в Настоятельском корпусе разместился Синодальный Отдел религиозного образования и катехизации Русской Православной Церкви. С 1992 г. в храмах монастыря происходят богослужения.
В 1993 г. Высоко-Петровскому монастырю присвоен статус Патриаршего подворья.
http://www.rel.org.ru/