Однако это строительство затянулось на девять лет из-за разразившейся эпидемии чумы, вспыхнувшей летом 1692 года. После её окончания из всей монастырской братии в живых остались только два иеромонаха, остальные все скончались, в том числе и настоятель - старец Александр.
В 1697 году строительство было завершено. Вместе с храмом была построена двухъярусная монастырская колокольня над святыми вратами при западном входе в обитель. Всё пространство монастыря было обнесено первоначально деревянными стенами, имеющими форму квадрата, а по всем четырём углам были установлены небольшие башенки. Внутри стен рядом с храмом были построены деревянные настоятельские и братские келии.
Весной 1706 года, когда Астрахань была захвачена мятежными стрельцами, монастырь стал опорой для прибывших из Москвы правительственных войск во главе с фельдмаршалом Шереметьевым. В монастырских стенах делались бойницы для отражения неприятеля. Когда фельдмаршал 12 марта прибыл в обитель, мятежники открыли стрельбу и пошли на штурм монастыря. Но царские войска отбили штурм.
В 20-х годах XVIII столетия между преемником митрополита Сампсона, епископом Иоакимом и астраханским губернатором Волынским, покровительствовавшим католикам-капуцинам, возник конфликт. Волынский добился перевода епископа из Астрахани и начал преследовать его сторонников. Настоятель монастыря архимандрит Иоасаф был схвачен и заключён в темницу, где Волынский под пытками вымогал у него казну и ценности монастыря. Настоятелю удалось спастись бегством. В 1723, пытаясь скрыть следы своих бесчинств, Волынский добился закрытия Иоанно-Предтеченского монастыря и учреждения в его стенах гарнизонного госпиталя. В обители не осталось ни одного монаха, однако, богослужения не прекратились - их совершал белый священник. Сначала к нему на помощь присылали двух иеромонахов из Спасского монастыря, а потом и вовсе прислали второго белого священника.
Все это длилось вплоть до 1727 года , когда, после настойчивых требований астраханского епископа Варлаама (Леницкого), монастырь был возвращён в епархиальное ведомство. При новом настоятеле монастыря архимандрите Иларионе здесь с 1727 по 1730 год были выстроены: каменная ограда и двухэтажный настоятельский корпус. В 1737 году при архимандрите Аркадии в первом ярусе монастырской колокольни был устроен храм в честь Святого Мученика Иоанна Воина.
В 1756 году при архимандрите Аароне стараниями надворного советника Фёдора Львовича Черкесова в монастыре была построена малая каменная церковь в честь иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радосте".
В 1780 году каменная келейная церковь во имя Богородицы "Всех Скорбящих Радосте", в которой едва помещалось 20 человек, перенесли и присоединить к Сретенской в виде придела, которы был освящен в честь Рождества Иоанна Предтечи.В 1895 из-за сильного обветшания Сретенский и Рождество-Иоанно-Предтеченский храмы были разобраны, а на их месте заложен новый трёхпрестольный храм в честь Сретения Господня с приделами: в честь иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радосте" и в честь Святителя Тихона Воронежского.
В 1899 году было окончено его строительство и 25 июля того же года освящён Астраханским епископом Сергием (Серафимовым). Боковые приделы не были сразу освящёны, так как из-за несоблюдения некоторых технических требований не были приняты строительной комиссией. Только 13 сентября 1909 года в день воспоминания освящёния храма Воскресения в Иерусалиме был освящён правый придел Сретенского храма - в честь иконы Божией Матери "Всех Скорбящих Радосте". В следующем году 13 августа был освящён и левый придел в честь Святителя Тихона Задонского.
В месте с разборкой двух древних - Сретенского и Рождества Иоанно-Предтеченского - храмов в 1895 году в Иоанно-Предтеченском монастыре были перестроены все деревянные братские келии, шедшие вдоль северной стороны. Кельи, как и примыкающая к ним братская трапеза, были построены каменные, как и другие монастырские службы: баня (в северо-восточном углу), погреба, кладовые (тянущиеся вдоль восточной стены), дом для монастырской прислуги (у южной стены) и располагавшиеся рядом каретная с конюшней. Полностью был разобран в 1895 году старый настоятельский дом и в том же году выстроен заново каменный двухэтажный. В верхнем этаже помещались келии для настоятеля, а в нижнем церковно-приходская школа, содержавшаяся на средства монастыря. В начале XX века в монастыре был игумен, 8 монахов и 5 послушников.
В 1919 году монастырь закрывают, однако храмы продолжали действовать до 1929 года. В 1940 г. колокольня и надвратный храм во имя Иоанна Воина были разобраны.
414004, Россия, г. Астрахань, ул. Магнитогорская, 9. тел.: 44-46-32 Р/с 40703810000500000081 В Астраханском филиале Банка Москвы.
БИК 041203773 Кор. счет 30101810400000000773
ИНН 3015035481 (Для нужд монастыря.)
E-mail: simon2@astranet.ru
http://ioanno.obshina.ru